應納稅所得額為納稅人每一納稅年度的利潤總額減去費用后的余額。

法人稅應納稅額的計算公式為：

應納稅額 = 應納稅所得額 × 適用稅率

①股息的處理：實行法人之間分配股息扣除制度。法人A對法人B持股達25%以上、持續時間在6個月以上的，法人A從法人B取得的股息全額不征稅；持股低于25%時，取得的股息80%不征稅。

②向外國分支機構支付的特許權使用費：日本法人向外國分支機構支付的特許權使用費允許扣除，但是必須符合獨立公平交易價格的規定。對資本弱化公司而言，負有關聯公司債務的日本法人支付利息的可扣除部分受到限制。運用公式計算出的負債資產比例超過3：1時，不得扣除負債利息。

③固定資產折舊：納稅人可以選擇使用余額遞減法和直線法，殘值是購置成本的10%，網站服務器的使用年限為4年，稅法規定了不同種類固定資產的使用年限和使用上述兩種方法時的年折舊率。

④虧損結轉：法人合并、分立發生的經營虧損，可以向后結轉5年，即允許從今后5年內實現的利潤中抵扣（特殊情況允許結轉7年至10年），不論法人稅還是法人居民稅均不允許虧損向前結轉。

⑤準備金制度：稅法允許為今后可能發生的費用或損失列支的稅收制度。現行準備金包括：壞賬準備金、返銷品調整準備金、特別維修準備金、海外投資風險準備金和金屬礦山預防災害準備金。

⑥交際費扣除：從2003年起，對資本金在1億日元以下的法人，交際費列支標準為400萬日元，允許實際扣除90%。

⑦留存利潤征稅制度：為防止關聯公司內部過度使用節稅策略，日本規定了公司內部留成比例最高限額，對年度留存利潤超過規定扣除限額的部分，采用特別稅率征收。考慮到內部留成是中小企業的重要資金來源，因此對其超額留存利潤適用較低的三級累進稅率：對不超過3000萬日元的部分，稅率為10%；超過3000萬日元至1億日元的部分，稅率為15%；超過億日元的部分，稅率為20%。從2003年至2006年期間，對于自有資本比率低于50%的中小企業，停止適用留存利潤征稅制度。

⑧捐贈款扣除：用于振興科教文衛或社會福利事業的捐贈款，允許全額扣除。慈善捐款的扣除比率為應納稅所得的1.25%或者實收資本的0.125%，但是，對外國分支機構的捐款則一概不予扣除。

⑨未向稅務機關提供收款人姓名、住址等信息資料的費用支出一概不能扣除。除了征收正常的法人稅和居民稅以外，對這類費用支出還將適用48.28%的特殊稅率征稅。

⑩2002引進母公司合并納稅制度：合并前母公司產生的虧損允許向后結轉5年，從企業重組后的年度應納稅所得額中抵扣。